สถาบันยุทธศาสตร์ทางปัญญาและวิจัย ได้รับอนุมัติให้จัดตั้งเป็นส่วนงานภายในมหาวิทยาลัย อาศัยอำนาจตามความในมาตรา 16 แห่งพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ พ.ศ. 2541 มาตรา 4 แห่งพระราชบัญญัติการบริหารส่วนงานภายในสถาบันอุดมศึกษา พ.ศ. 2550 และมติสภามหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ในการประชุมครั้งที่ 6/2554 เมื่อวันที่ 8 เมษายน 2554 ซึ่งมีการแบ่งโครงสร้างของสถาบันยุทธศาสตร์ทางปัญญาและวิจัย ตามประกาศมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ลงวันที่ 14 มิถุนายน 2554 เรื่อง การแบ่งงานในสถาบันยุทธศาสตร์ทางปัญญาและวิจัย โดยแบ่งงานเป็น 1 สำนักงานผู้อำนวยการ 4 ฝ่าย คือ ฝ่ายบริหารจัดการวิจัย ฝ่ายบริหารทรัพย์สินทางปัญญา ฝ่ายบ่มเพาะวิสาหกิจ และฝ่ายสำนักพิมพ์ มศว และคำสั่งมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ที่ 1759/2554 ลงวันที่ 15 มิถุนายน 2554 เรื่อง การตัดโอนข้าราชการ จำนวน 1 ราย และคำสั่งมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ที่ 1760/2554 ลงวันที่ 15 มิถุนายน 2554 เรื่อง การตัดโอนตำแหน่งพนักงานมหาวิทยาลัย จำนวน 16 ราย
ในช่วงแรกสถาบันยุทธศาสตร์ทางปัญญาและวิจัย มีการแบ่งหน่วยงานภายในของส่วนงาน ตามประกาศมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ฉบับที่ 10/2559 เรื่อง การแบ่งหน่วยงานภายในของส่วนงาน พ.ศ. 2559 ลงวันที่ 15 พฤศจิกายน 2559 โดยแบ่งงานเป็น 1 สำนักงานผู้อำนวยการ 4 ฝ่าย คือ ฝ่ายบริหารจัดการวิจัย ฝ่ายบริหารจัดการทรัพย์สินทางปัญญา ฝ่ายสำนักพิมพ์ ฝ่ายบ่มเพาะวิสาหกิจ ต่อมามหาวิทยาลัยฯ ได้มีคำสั่งให้ยุบหน่วยงานภายใน (ฝ่ายสำนักพิมพ์และฝ่ายบ่มเพาะวิสาหกิจ) ตามประกาศมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ฉบับที่ 13/2560 เรื่อง การแบ่งหน่วยงานภายในของส่วนงาน (ฉบับที่ 3) พ.ศ. 2560 ลงวันที่ 18 สิงหาคม 2560 อีกทั้งได้มีการแบ่งงานตามประกาศมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ฉบับที่ 19 เรื่อง การแบ่งหน่วยงานภายในของส่วนงาน เพิ่มเติม (ฉบับที่ 4) พ.ศ. 2561 ลงวันที่ 10 กรกฎาคม 2561 ข้อ 5 ให้เพิ่มความในข้อ 3 ของประกาศมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ฉบับที่ 10/2559 เรื่อง การแบ่งหน่วยงานภายในของส่วนงาน พ.ศ. 2559 ลงวันที่ 15 พฤศจิกายน 2559 “ข้อ 3 (20.6) ฝ่ายจริยธรรมและมาตรฐานการวิจัย”
ปัจจุบันมหาวิทยาลัยได้ให้ยกเลิกความใน (20.6) ของข้อ 3 ของประกาศมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ฉบับที่ 10/2559 เรื่อง การแบ่งหน่วยงานภายในของส่วนงาน พ.ศ. 2559 แก้ไขเพิ่มเติม (ฉบับที่ 4) และให้ใช้ความต่อไปนี้แทน “(20.6) ฝ่ายบริหารจัดการข้อมูลและเผยแพร่ผลงานวิจัย”
ผู้อำนวยการสถาบันยุทธศาสตร์ทางปัญญาและวิจัย ได้บริหารจัดการสถาบันฯ ตามคำสั่งมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒที่ 10189/2563 เรื่อง การมอบอำนาจให้ผู้ปฏิบัติการแทนอธิการบดี ลงวันที่ 29 ธันวาคม 2563 โดยมีบุคลากรสายปฏิบัติการเป็นพนักงานมหาวิทยาลัย จำนวน 20 อัตรา โดยได้มีการกำหนดพันธกิจที่สอดคล้องกับยุทธศาสตร์ของมหาวิทยาลัย เพื่อส่งเสริม สนับสนุน การสร้างงานวิจัยที่มีประโยชน์ต่อชุมชน สังคม ประเทศต่อไป